以下特殊情况会影响住院医疗报销比例计算：
1、跨地区就医：社会医保参保人未办异地备案跨地区住院，报销比例通常低于参保地。例如A地居民医保参保人未备案到B地三级医院，原本A地三级医院可报60%，跨地区后可能仅报40%。
2、特殊疾病治疗：患癌症、尿毒症等特殊疾病者，部分地区医保会提高报销比例或降低起付线。例如某地特殊疾病患者在指定医院住院，报销比例在普通比例基础上提高10%。
3、商业保险免责条款：商业医疗险中，保险公司若未明确说明免责条款，该条款无效，原本免责的费用可能按正常比例报销，实际报销比例会高于合同约定。
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住院医疗报销比例计算主要看保险类型和具体约定，以下是不同情况的计算方式：
商业医疗险：按合同约定的免赔额、赔付比例及最高限额计算，例如扣除免赔额后，符合条件的费用按合同比例（如80%）报销，且不超过最高限额。
社会医疗险（含城镇职工/城乡居民医保）：报销比例由地区、医保类型、医院等级及医保目录内项目决定。例如同一地区三级医院报销比例低于二级医院，目录外项目通常不报销。
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住院医疗报销比例计算有明确法律依据，具体说明如下：
根据《中华人民共和国社会保险法》第二十八条：“符合基本医保目录、诊疗项目、医疗服务设施标准及急诊、抢救的医疗费用，按国家规定从医保基金中支付。”社会医保报销比例由统筹地区制定，例如某地城镇职工医保三级医院住院报销比例70%（符合目录内费用先扣起付线后按此比例计算）。
商业医疗险依据《中华人民共和国保险法》第十九条，合同约定的免赔额、赔付比例等具有约束力，报销比例严格按合同执行（如免赔额1万、赔付90%，则超过1万部分按90%报销）。
因此，需先明确是社会医保还是商业保险，再依据相关法规或合同约定确定报销比例。
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计算住院医疗报销比例时需注意以下法律风险：
1、证据链风险：关键报销凭证缺失（如住院发票丢失、费用清单不详细），医保部门或保险公司可能因无法核实真实性和报销条件，拒绝按正常比例报销，甚至不予报销，导致被保险人无法获得经济补偿。
2、经济损失风险：因不了解政策或合同约定，错误计算报销比例可能多付费用。例如城乡居民医保参保人在外地三级医院住院，因不了解异地就医报销比例较低的政策，按本地比例准备费用，出院时需自行承担更多费用，造成经济损失。

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